福建省微生物研究所創(chuàng)建于1955年，是我國較早建立的從事微生物藥物研究機(jī)構(gòu)。歷年來承擔(dān)國家、部、省重點(diǎn)科技項(xiàng)目，先后研制成功了慶大霉素、環(huán)孢素、雷帕霉素、胞必佳等十多種重要醫(yī)藥品種，發(fā)展了我國醫(yī)藥工業(yè)，創(chuàng)造了顯著的經(jīng)濟(jì)效益和社會效益，形成了從小單孢菌中尋找新藥物和從微生物中尋找新型免疫調(diào)節(jié)劑的研究特色，成為我國抗生素研究骨干科研機(jī)構(gòu)之一。 

現(xiàn)有職工108人，其中科技人員78人。建有國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、工程研究中心和1個(gè)中外合作的藥業(yè)公司，研究條件日臻完善。2005年以來，我所共承擔(dān)省部級以上科研項(xiàng)目31項(xiàng)，獲1項(xiàng)福建省科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)，2本國家新藥證書、2個(gè)新藥臨床批件和4個(gè)藥品注冊批件，申請8個(gè)發(fā)明專利，并在省級以上刊物發(fā)表論文70余篇，5篇被SCI收錄，出版科技專著1部。目前正承擔(dān)2項(xiàng)國家“十一五”科技重大專項(xiàng)項(xiàng)目，開展有我國自主知識產(chǎn)權(quán)的微生物新藥的篩選研究。

研究所與國內(nèi)外醫(yī)藥科研機(jī)構(gòu)、高等院校和制藥企業(yè)建立了廣泛、緊密的交流合作關(guān)系，開展科技聯(lián)盟，聯(lián)合培養(yǎng)碩、博士研究生，并積極開展產(chǎn)學(xué)研合作，創(chuàng)辦福建科瑞藥業(yè)有限公司，推進(jìn)醫(yī)藥科技成果產(chǎn)業(yè)化，不斷增加科技創(chuàng)新和成果轉(zhuǎn)化能力，為發(fā)展我國的醫(yī)藥事業(yè)而不懈努力。